如何让您的基因组学研究更具可重复性
文章来源:发布时间:2018-01-15 15:15:49浏览数量:
检测和方法的性能测定,需要研究一系列特性,如分析灵敏度、特异性、精确度、可重复性、线性、检测限和可报告范围。在二代测序等高度复杂的方法中,性能测定存在很大难度,但维系任何方法可重复性的主要工作都包括精准控制液体处理。
您的基因组学研究的可重复性如何?
为了证明液体处理自动化的特点,我们以一个相对简单但却十分关键的基因组学工作流程步骤为例:定量双联DNA(dsDNA)。在本例中,我们采用荧光试剂盒,对96孔板上的样本进行dsDNA测定。为此,我们采用八通道空气置换移液臂、一次性过滤加样针以及多功能酶标仪,在微孔板上进行自动化液体处理。将同一份样本等分成8份进行5次反应,5次运行内及总的运行获得的数据可重复性均达到5.8% CV以上。尽管通过手动加样也可实现这种精确度水平,但自动化技术可7天/24小时维持该性能,不仅消除了人为误差风险、提高了通量,也让实验室人力资源从这类繁琐、耗时的任务中解放出来。
表1:标准曲线制备的一致性:同一样本等分成8份,根据5次运行结果获取数据。
采用单一样本测试液体处理性能可以提供宝贵的性能数据,但真实应用涉及多种样本,而且这些样本的浓度范围差异往往很大。因此,评估孔间(例如,高/低浓度样本间)的污染风险至关重要。另一项重要的测试方法是比对核查,即将高/低浓度的样本置于邻近的孔中。本例中,按照比对模式分别加样48高浓度以及48低浓度样本,定量结果也符合要求。样本在整个板上表现出了一致的数值,证明不存在交叉污染问题。
图1. 采用自动化方法进行的交叉污染评估定量结果。浓阴影区域平均浓度84.7 ng/μL;淡阴影区域平均浓度34.1 ng/μL。
dsDNA定量的第一步是将样本稀释到同一浓度,以便简化下游处理。这一步骤固然可手动进行,但自动化处理可节省手动操作时间,最大限度消除人为误差。然后采用定量步骤保存的数据自动生成脚本,以便在原位或单独的孔板上实现每种样本所需的浓度和体积。在本例中,标准化样本的平均浓度为25.9 ng/μL,CV值仅5.5%,无疑为获得可重复数据打下了良好的基础。
图2. 标准化样本为下一工作流程步骤提供了良好的起点。
样本处理性能是实现可重复性研究的良好基础。此外,采用自动化液体处理、定量和标准化的样本进行下游步骤,还可保证严格遵守标准操作流程。即,您可始终得到相同的结果。
目前的自动化技术使您完全不必担心特定的模式或实验方案束缚您的实验室工作。所谓灵活,不单单指可以随意选择96和384孔板,更包括结合了易用性和足够灵活的用户界面,可适应不同的应用和工作流程,如纯化后的QC或NGS文库制备样本处理。
无论您进行哪种应用,液体处理自动化都可为获得可重复性研究结果打下稳定、可靠的基础,同时帮助您加快工作流程。
参考文献
Application Note: Automation of the Quant-iT™ PicoGreen® dsDNA Assay Kit on the Fluent® Laboratory Automation Solution. Quantification and normalization of double stranded DNA with minimal set-up time.